Dalam rangka meningkatkan efektivitas dan efisiensi kerja Masjid Al Muhajirin, maka kepengursan BKM dapat dilihat pada tiga sisi. Pertama BKM sebagai lembaga tertinggi sekaligus pusat kegiatan Masjid. BKM fokus pada pengelolaan dan pelaksanaan fungsi utama Masjid sebagai tempat ibadah dan sekaligus sebagai pusat dakwah. Kedua, lembaga penopang kegiatan BKM, Ketiga, lembaga semi otonom dengan peran yang lebih luas, yaitu yayasan pembinaan muallaf.
Lembaga Pendukung BKM Al- Muhajirin
1. Unit Pengumpul Zakat
Untuk urusan penerimaan, pengumpulan dan pendistribusian Zakat, BKM telah membentuk unit pengumpul Zakat (UPZ) yang disahkan oleh Baznas Kota Medan. Lebih lengkapnya silakan klik Unit Pengumpul Zakat
2. Nazir Wakaf
Selanjutnya untuk wakaf dalam rangka pembangunan dan perluasan Masjid Al Muhajirin atau madrasah, maka telah pula dibentuk Nazir Wakaf Bumi Asri. Lebih lengkapnya silakan klik Wakaf
3. Remaja Masjid
BKM membina dan mengawasi remaja masjid Al Muhajirin dalam berbagai macam kegiatan. Remaja masjid sebenarnya masih sangat muda sekali. Berdiri pada tahun 1999. Kegiatan lainnya pengajian remaja masjid dan pembinaan generasi muda lainnya.
4. Panitia Penyembelih Hewan Qurban
Masjid Al Muhajirin sejak hadir di perumahan Bumi Asri tidak pernah berhenti dalam pelaksanaan ibadah qurban. Hampir tiap idul Adha, berhasil menyembelih rata-rata setiap tahunnya 25 ekor sapi ditambah beberapa ekor kambing. Daging-daging kurban tidak saja dibagi kepada fakir miskin, pequrban, warga Bumi Asri dan masyarakat sekita kota Medan. Bahkan dagiing qurban telah dikirim sampai ke Karo.
Lembaga Semi Otonom
1. Yayasan Pembinaan Muallaf
Dari sisi administrasi pengelolaan Bina Muallaf ini berada dibawah yayasan Bina Muallaf Muhajirin Bumi Asri. Lebih lengakpnya silakan klik Bina Muallaf
2. Klinik Kesehatan
Keberadaan klinik sehat masjid Al Muhajirin Bumi Asri adalah satu terobosan maju yang dilakukan BKM. Pada awalnya keinginan mendirikan klinik sehat ini telah lama ada diklangan pengurus sebagai upaya menjadikan masjid yang memiliki fungsi. Lebih lengakpnya silakan klik Klinik Sehat
3. Koperasi Barakah
Sampai saat ini di kota Medan terdapat 1015 Masjid yang teresebar diberbagai kecamatan dan kelurahan, dari jumlah tersebut tidak sampai 20 Masjid yang telah memiliki koperasi Masjid. Salah satu masjid yang memiliki koperasi yaitu Masjid Al-Muhajirin yang diresmikan oleh Walikota Medan Bapak Muhammad Bobby Afif Nasution.
Lembaga Mitra Masjid
1. Pengajian Al-Amin Bumi Asri
Kegiatan sosial Masjid Al-Muhajirin selama ini adalah kolaborasi dengan Majlis pengajian ibu-ibu Al-Amin. Pengajian ini memiliki jadwal yang rutin dalam memberikan bantuan-bantuan. Khusus anak yatim, bantuan diberikan pada bulan Muharram, menjelang Ramadhan dan juga pada saat acara nuzul Al-Qur’an. Majlis Al-Amin juga aktif memberikan bantuan jika terjadi musibah, semisal banjir bandang, gempa bumi dan lain-lain. Disamping itu, pengajian Al-Amin juga aktif dalam kegiatan-kegiatan masjid seperti PBHI dan lain sebagainya.
2. STM
Lewat STM gagasan mendirikan masjid menjadi kuat dan akhirnya dapat terwujud. Sampai saat inipun, aktivitas STM Al-Muhajirin juga banyak dilakukan di masjid. Tugas pokok STM adalah membantu warga Bumi Asri khususnya yang muslim dalam penyelenggaraan Fardhu Kifayahnya. Disamping itu juga menjaga silaturrahum sesama anggota STM, ini benar benar berperan sangat nyata pada masyarakat dan mereka merasakan manfaatnya.